ஈழம் அந்நியர் ஆதிக்கத்தின் கீழ் அடிபணிந்திருந்த வேளை சைவமும், தமிழும் திட்டமிட்டு நசுக்கப்பட்டு கிறிஸ்தவமும் ஆங்கிலமும் பரப்பப்பட்ட வேளையில் யாழ்ப்பாணத்தில் ஆறுமுக நாவலர் தோன்றி சைவத்தையும் தமிழையும் காத்தற்பொருட்டு கிறிஸ்தவத்திற்கு எதிராகச் செயற்படத் தொடங்கினார். இந்துமத ஆர்வலர்களையும் சமயப் பெரியார்களையும் இணைத்து கிறிஸ்தவத்திற்கு எதிரான தனது செயற்பாடுகளை நாவலர் அவர்கள் விரிவுபடுத்திச் செயற்பட்டார். இந்தச் சூழ்நிலையிலே தான் சித்தன்கேணியைச் சேர்ந்த அம்பலவாண நாவலர் அவர்கள் ஆறுமுக நாவலரோடு இணைந்து அவரின் ஆசீர்வாதத்தைப் பெற்று ஆறுமுக நாவலரின் சீடனாக அவரின் பணியை ஆற்றத் தொடங்கினார்.
இக்காலச் சூழ்நிலையில் தென்னாசியாவிலேயே சகல வசதிகளும் கொண்ட பல்கலைக்கழகத்திற்கு நிகரான உயர்கலாபீடமாக “வட்டுக்கோட்டை செமினறி” என்ற பெயரோடு இன்றைய யாழ்ப்பாணக் கல்லூரியை மிசனறியினர் எனப்படும் கிறிஸ்தவர்கள் உருவாக்கியிருந்தனர். இது ஆங்கில மொழி மூலமான கல்வியைப் போதித்தது. இங்கு கற்று வெளியேறியவர்கள் செமினறிப் பட்டதாரிகள் என அழைக்கப்பட்டனர். அக்காலத்தில் அரச தொழில் வாய்ப்பைப் பெறுவது என்றால் ஆங்கிலமொழி அறிவு படைத்தவர்களுக்கே அது வழங்கப்பட்டது. ஆங்கில மொழியறிவைப் பெற வேண்டுமாயின் வட்டுக்கோட்டை செமினறியிலே இணைந்து கற்க வேண்டியிருந்தது. இங்கு இணைந்து கல்வி கற்க வேண்டுமானால் கிறிஸ்தவராக மதம் மாற வேண்டிய நிலை அன்று இருந்தது. அரச தொழில் தேவை எனில் கிறிஸ்தவராக மதம் மாறி வட்டுக்கோட்டை செமினறியில் இணைந்து ஆங்கில மொழி அறிவைப் பெற வேண்டிய தேவை சைவப்பிள்ளைகளுக்கிருந்தது. இதனால் பலர் கிறிஸ்தவர்களாக மாறினர்.
இவ்வாறு சைவத்தமிழ்ப்பிள்ளைகள் கிறிஸ்தவர்களாக மதம் மாறி ஆங்கில அறிவைப் பெறும் இச் செயற்பாட்டைத் தடுத்து நிறுத்தி ஏழைச் சைவத்தமிழ்ப் பிள்ளைகள் மதம் மாறாமலே ஆங்கிலமொழிக் கல்வியைப் பெற்று அரச தொழிலைப் பெறும் நோக்கில் வட்டுக்கோட்டை செமினறிக்கு எதிராக சித்தன்கேணியிலே 1894ம் ஆண்டு புரட்டாதி மாதம் விஜயதசமித்தினத்தன்று (09.10.1894) அம்பலவாண நாவலர் அவர்களால் ஆங்கிலப் பாடசாலையாக ஆரம்பிக்கப்பட்ட பாடசாலையே வட்டு இந்துக் கல்லூரி ஆகும். இக்காலத்திலே இப்படியான பாடசாலைகளை ஆரம்பிப்பதிலே பல சிரமங்கள் இருந்தன. இருந்தாலும் அம்பலவாண நாவலர் அவர்கள் இச்சிரமங்களை எல்லாம் பொருட்படுத்தாது தனது உறவினர் நொத்தாரிசு சிதம்பரப்பிள்ளையின் உதவியைப்பெற்று துணிவுடன் பாடசாலையை நடாத்தி வந்தார். முதற் சில வருடங்கள் அம்பலவாண நாவலர் அவர்களே இப்பாடசாலையின் தலைமை ஆசிரியராகச் செயற்பட்டார். இவரோடு இணைந்து இலக்கிய உலகில் “தங்கத்தாத்தா” எனச் செல்லமாக அழைக்கப்படும் நவாலியூர் சோமசுந்தரப்புலவர் அவர்களும் ஆசிரியராக இணைந்து செயற்பட்டார். அம்பலவாண நாவலர், சோமசுந்தரப்புலவர் போன்ற சிறந்த ஆசிரியர்களின் வழிப்படுத்தல், வழிகாட்டலில் ஆரம்பமாகிய கல்லூரியே இன்று புகழ்பூத்து நிற்கும் வட்டு இந்துக் கல்லூரி ஆகும். "தங்கத்தாத்தா” என்று அழைக்கப்படுகின்ற நவாலியூர் சோமசுந்தரப் புலவர் இக்கல்லூரியில் நாற்பது ஆண்டுகள் (1898-1938 வரை) தமிழ் ஆசிரியராகச் சிறந்த சேவையை ஆற்றியவர் என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
அம்பலவாண நாவலரைத் தொடர்ந்து 1906 இல் ஆசிரியர் சின்னத்துரை அவர்கள் அதிபர் ஆனார். இவ்வாறு காலங்கள் நகர அதிபர்களும் மாறக்கல்லூரியும் படிமுறை வளர்ச்சிகள் கண்டு தரம் உயர்ந்து வளரத் தொடங்கியது. இத்தகைய வளர்ச்சிப் போக்கிலே கல்லூரி செல்கையிலே அர்ப்பணிப்புள்ள அதிபர்கள் கல்லூரி அன்னையைக் கோலோச்சி அலங்கரித்தனர். இத்தகைய அலங்கரிப்பிலே கல்லூரி மாணவர்கள் பல சாதனைகளைச் செய்து கல்லூரியைப் பெருமைப்படுத்தினர். அந்த வகையிலே திரு.கெ.கனகரத்தினம் கணக்காளர் நாயமாகவும் கல்வி மந்திரியின் பாராளுமன்றக் காரியதரிசியுமாக விளங்கினார். சேர் வேலுப்பிள்ளை குமாரசாமி அவர்கள் வெளிநாட்டமைச்சில் நிரந்தரக் காரியதரிசியாகவும் கனடா நாட்டுத் தூதுவராகவும் விளங்கினார். இவ்வாறு படிமுறை வளர்ச்சி கண்ட எம் கல்லூரிக்கு 1917ம் ஆண்டு கல்வி இலாகாவின் தலைவராக இருந்த திரு "டென்காம்" அவர்கள் வருகை தந்திருந்தார். இதனைத் தொடர்ந்து 1927ம் ஆண்டு அகிம்சை நாயகன் “மகாத்மா காந்தி" அவர்கள் கல்லூரிக்கு வருகை தந்திருந்தார். இவ்வாறாகக் கல்லூரிக்கு உயர் பதவி நிலைகளில் உள்ளவர்கள் வருகை தந்திருந்தனர்.
இவ்வாறு கல்லூரி வளர்ந்து வருகையில் 1948 இல் திரு.எஸ். சிவகுருநாதபிள்ளை அதிபராகக் கல்லூரிக்கு நியமிக்கப்பட்டார். இவர் கல்லூரியின் வளர்ச்சிக்கு அரும்பணி ஆற்றினார். இவரது முயற்சியால் உருவானதே கல்லூரியின் வள்ளியம்மை மண்டபமாகும். அத்தோடு செல்வலட்சுமி விஞ்ஞான ஆய்வுகூடம் என்னும் ஆய்வுகூடத்தையும் நிறுவினார். இவ்வாறு கல்லூரிக்கு அரும்பணி ஆற்றிய அதிபர் சிவகுருநாதப்பிள்ளை அவர்களது காலத்தை கல்லூரிக்கு இவரின் பின்வந்த அதிபர் திரு.க.அருணாசலம் அவர்கள் பொற்காலம் எனக்குறிப்பிட்டுள்ளமை கவனத்திற்குரியது.
சிவகுருநாதபிள்ளைக்குப் பின்னர் ஒரு சில அதிபர்கள் பதவிக்கு வந்தனர். அந்த வரிசையில் 1972ம் ஆண்டு திரு.க.அருணாசலம் அவர்கள் கல்லூரியின் அதிபராக நியமிக்கப்பட்டார். இவரது காலத்திலேதான் எமது வட்டு இந்துக்கல்லாரி 1AB தர பாடசாலையாக தரமுயர்ந்து உயர்தர வகுப்பில் கணித விஞ்ஞானப் பிரிவுகள் ஆரம்பிக்கப்பட்டன. கல்லூரியின் பௌதீக வளங்கள் அதிகரிக்கப்பட்டன. அக்காலத்தின் கல்வி மந்திரியாக இருந்த "பதியுதீன் முகமத’’ அவர்களால் கல்லூரிக்கு தண்ணீர்த் தாங்கி கட்டுவிக்கப்பட்டது. மின்னிணைப்பும் பெறப்பட்டது. இதனால் கல்லூரி புதுப்பொலிவு பெற்றது. அத்தோடு கல்லூரிக்குக் காணி நிலமும் கொள்வனவு செய்யப்பட்டது. கல்வி அமைச்சின் மேலதிக செயலாளர் திரு. எஸ்.சுமதிபாலா மற்றும் அப்போதைய எதிர்க்கட்சித் தலைவர் திரு.அ.அமிர்தலிங்கம் ஆகியோர் பாடசாலைக்கு வருகை தந்திருந்தார்கள். எனவே அதிபர் திரு.க.அருணாசலத்தின் காலமும் கல்லூரி வரலாற்றிலே சிறப்பான காலமாகும்.
இவரைத் தொடர்ந்து 1978 இல் கல்லூரியின் அதிபராக திரு.கே.நடராசா அவர்கள் நியமிக்கப்பட்டார். இவரைத் தொடர்ந்து திரு.எஸ்.வேலுப்பிள்ளை, திரு.எஸ்.தாஸ் என அடுத்தடுத்து அதிபர்களாக கல்லூரிக்கு நியமிக்கப்பட்டனர். திரு. எஸ்.தாஸ் அவர்கள் அதிபராக இருந்த காலத்தில் தான் அருளம்பலம் என்னும் மாணவன் தனது பாடத்தொகுதியிலே அகில இலங்கையில் நான்காவதாக வந்து அற்புதராசா பரிசுத் தொகையை வென்று நேரடியாக ஜனாதிபதியிடம் அதனைப் பெற்று தனக்கும் கல்லூரிக்கும் பெருமை சேர்த்தார். இவரைத் தொடர்ந்து திரு.என்.ஜெயநாயகம் அவர்கள் அதிபராக நியமிக்கப்பட்டார். இவரது காலத்திலே தான் கல்லூரி நூற்றாண்டு நிறைவை அடைந்து விழாவெடுத்து அகம் மகிழ்ந்தது. இதனைத் தொடர்ந்து 1995இல் யாழ்ப்பாண இடப்பெயர்வு ஏற்பட்டு 1996இல் கல்லூரி மீண்டும் தனது பழைய இடத்தில் இயங்க ஆரம்பித்தது.